Die Sequenzierungstechnologie der nächsten Generation hat es einfacher denn je gemacht, Pflanzenkrankheiten schnell zu diagnostizieren. “Es ist wirklich aufregend zu sehen, wie sich die Sequenzierungstechnologien entwickelt haben und wie diese neue Technologie die Sequenzierung ganzer Genome in so kurzer Zeit ermöglicht”, sagte Yazmín Rivera, Pflanzenpathologe beim Pflanzenschutz- und Quarantäneprogramm des US-Landwirtschaftsministeriums. der kürzlich ein Forschungspapier über die Wirksamkeit von Protokollen von Oxford Nanopore Technologies veröffentlicht hat.
“Wir wollten eine unvoreingenommene Bewertung der Technologie und der Protokolle liefern, die für die Sequenzierung mit langem Lesen verfügbar sind”, erklärte Rivera. Zusammen mit anderen Pflanzenpathologen verwendete Rivera die Protokolle des Unternehmens, um RNA- und DNA-Bibliotheken aus virusinfiziertem Pflanzenmaterial bzw. aus einem pflanzenpathogenen Bakterium herzustellen. Nach einer Stunde Datensequenzierung verfügten die Wissenschaftler über genügend Daten, um kleine Genome zusammenzusetzen.
“Diagnostiker werden eine objektive Überprüfung dieser Technologie begrüßen”, sagte Rivera. Rivera und ihre Kollegen veröffentlichten ihre Ergebnisse in Fortschritt der PflanzengesundheitDarstellen eines direkten Vergleichs der Protokolle, anhand dessen der Leser ermitteln kann, welches Bibliotheksvorbereitungskit für seine Anforderungen am besten geeignet ist.
Die Fähigkeit, schnell das gesamte Genom eines Organismus zu erhalten, hat große Auswirkungen auf das Gebiet der Pflanzenpathologie. “Wenn mehr Informationen verfügbar sind, können neu auftretende und schwer zu identifizierende Krankheitserreger identifiziert werden”, erklärt Rivera. Weitere Informationen finden Sie in der März-Ausgabe von Plant Health Progress unter “Vergleich von Nanoporen-Sequenzierungsprotokollen und Echtzeitanalyse für die Phytopathogen-Diagnostik”.
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Quelle der Geschichte:
Materialien zur Verfügung gestellt von Amerikanische Phytopathologische Gesellschaft. Hinweis: Der Inhalt kann nach Stil und Länge bearbeitet werden.
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