Ye, Z. & Sarkar, CA Auf dem Weg zu einem quantitativen Verständnis der Zellidentität. Trends Cell Biol. 281030–1048 (2018).
CAS Artikel Google Scholar
Stuart, T. et al. Umfassende Integration von Einzelzelldaten. Zelle 1771888–1902 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
Stuart, T. & Satija, R. Integrative Einzelzellanalyse. Nat. Rev. Genet. 20257–272 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
Korsunsky, I. et al. Schnelle, sensible und genaue Integration von Einzelzelldaten in Harmony. Nat. Methoden 161289–1296 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
Welch, JD et al. Die Multi-Omic-Integration einzelner Zellen vergleicht und kontrastiert Merkmale der Identität von Gehirnzellen. Zelle 1771873–1887 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
J. Mairal, F. Bach, J. Ponce & G. Sapiro Online-Lernen für Matrixfaktorisierung und spärliche Codierung. J. Mach. Lernen. Res. 1119–60 (2010).
Google Scholar
Saunders, A. et al. Molekulare Vielfalt und Spezialisierungen unter den Zellen des Gehirns der erwachsenen Maus. Zelle 1741015–1030 (2018).
CAS Artikel Google Scholar
Tran, HTN et al. Ein Benchmark für Batch-Effekt-Korrekturmethoden für Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten. Genome Biol. 2112 (2020).
CAS Artikel Google Scholar
Kang, HM et al. Multiplex-Tröpfchen-Einzelzell-RNA-Sequenzierung unter Verwendung natürlicher genetischer Variation. Nat. Biotechnol. 3689–94 (2018).
CAS Artikel Google Scholar
Grün, D. et al. De-novo-Vorhersage der Stammzellidentität unter Verwendung von Einzelzelltranskriptomdaten. Zellstammzelle 19266–277 (2016).
Artikel Google Scholar
Muraro, MJ et al. Ein einzelliger Transkriptomatlas der menschlichen Bauchspeicheldrüse. Cell Syst. 3385–394 (2016).
CAS Artikel Google Scholar
Lawlor, N. et al. Einzelzelltranskriptome identifizieren menschliche Inselzellensignaturen und zeigen zelltypspezifische Expressionsänderungen bei Typ-2-Diabetes. Genom Res. 27208–222 (2017).
CAS Artikel Google Scholar
M. Baron et al. Eine Einzelzell-Transkriptomkarte der Bauchspeicheldrüse von Mensch und Maus zeigt die Populationsstruktur zwischen und innerhalb der Zellen. Cell Syst. 3346–360 (2016).
CAS Artikel Google Scholar
Segerstolpe, Å. et al. Einzelzell-Transkriptom-Profiling von menschlichen Pankreasinseln bei Gesundheit und Typ-2-Diabetes. Cell Metab. 24593–607 (2016).
CAS Artikel Google Scholar
Toda, T., Parylak, SL, Linker, SB & Gage, FH Die Rolle der Neurogenese des Hippocampus bei Erwachsenen für die Gesundheit und Krankheit des Gehirns. Mol. Psychiatrie 2467–87 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
Ernst, A. et al. Neurogenese im Striatum des erwachsenen menschlichen Gehirns. Zelle 1561072–1083 (2014).
CAS Artikel Google Scholar
Zeisel, A. et al. Molekulare Architektur des Nervensystems der Maus. Zelle 174999–1014 (2018).
CAS Artikel Google Scholar
Cao, J. et al. Die einzellige Transkriptionslandschaft der Säugetierorganogenese. Natur 566496–502 (2019).
CAS PubMed PubMed Zentraler Google Scholar
Rodriques, SG et al. Slide-seq: Eine skalierbare Technologie zur Messung der genomweiten Expression bei hoher räumlicher Auflösung. Wissenschaft 3631463–1467 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
Stickels, RR et al. Hochempfindliche räumliche Transkriptomik bei nahezu zellulärer Auflösung mit Slide-seqV2. Nat. Biotechnol. 39313–319 (2021).
CAS Artikel Google Scholar
Chen, KH, Boettiger, AN, Moffitt, JR, Wang, S. & Zhuang, X. RNA-Bildgebung. Räumlich aufgelöstes, hochmultiplexiertes RNA-Profiling in einzelnen Zellen. Wissenschaft 348aaa6090 (2015).
Artikel Google Scholar
Yao, Z. et al. Eine Taxonomie transkriptomischer Zelltypen über die Isocortex- und Hippocampus-Bildung. Preprint bei bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.03.30.015214 (2020).
Moffitt, JR et al. Molekulare, räumliche und funktionelle Einzelzellprofilierung der hypothalamischen preoptischen Region. Wissenschaft 362eaau5324 (2018).
Artikel Google Scholar
Ecker, JR et al. Das Cell Census Consortium der BRAIN Initiative: Lehren aus der Erstellung eines umfassenden Gehirnzellatlas. Neuron 96542–557 (2017).
CAS Artikel Google Scholar
HuBMAP-Konsortium. Der menschliche Körper bei zellulärer Auflösung: das NIH Human Biomolecular Atlas Program. Natur 574187–192 (2019).
CAS Artikel Google Scholar
Regev, A. et al. Der menschliche Zellatlas. eLife 6e27041 (2017).
Artikel Google Scholar
Yao, Z. et al. Ein integrierter transkriptomischer und epigenomischer Atlas der primären motorischen Kortexzelltypen der Maus. Preprint bei bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.02.29.970558 (2020).
Tasic, B. et al. Taxonomie von kortikalen Zellen bei erwachsenen Mäusen, die durch Einzelzelltranskriptomik nachgewiesen wurde. Nat. Neurosci. 19335–346 (2016).
CAS Artikel Google Scholar
Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E. & Satija, R. Integration von transkriptomischen Einzelzelldaten über verschiedene Bedingungen, Technologien und Arten hinweg. Nat. Biotechnol. 36411–420 (2018).
CAS Artikel Google Scholar
M. Büttner, Z. Miao, FA Wolf, SA Teichmann & FJ Theis Eine Testmetrik zur Beurteilung der Einzelzell-RNA-Sequenz-Batch-Korrektur. Nat. Methoden 1643–49 (2019).
Artikel Google Scholar
Hubert, L. & Arabia, P. Vergleichen der Ergebnisse. J. Klassifikation 2193–218 (1985).
Artikel Google Scholar
Rand, WM Objektive Kriterien für die Bewertung von Clustering-Methoden. Marmelade. Stat. Assoc. 66846–850 (1971).
Artikel Google Scholar
Zappia, L., Phipson, B. & Oshlack, A. Splatter: Simulation von Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten. Genome Biol. 18174 (2017).
Artikel Google Scholar