Erklärt | XBB.1.16, die Omicron-Rekombinante hinter Indiens neuer COVID-Spitze

In den letzten drei Jahren und mehreren Infektionswellen entwickelt sich SARS-CoV-2 durch die Anhäufung genetischer Variationen weiter. Gelegentlich könnte eine Co-Infektion mehrerer Abstammungslinien des Virus zu Rekombinationen zwischen Genomen führen, die zu chimären Genomen führen können, die auch als Rekombinanten bezeichnet werden.

Während die meisten Rekombinationen möglicherweise nicht zu lebensfähigen Viren führen, besteht die seltene Möglichkeit, dass die Rekombination zur Schaffung einer neuen Viruslinie mit besseren funktionellen Fähigkeiten als jede der Elternlinien führen könnte. Genomsequenzierung und Überwachung von Viren könnten solche Rekombinanten effizient identifizieren, da sie das Variantenkomplement von zwei Elternlinien aufweisen würden.

Im Verlauf der COVID-19-Pandemie sind mehrere rekombinante SARS-CoV-2-Linien aufgetaucht. Das PANGO-Netzwerk, ein internationales Konsortium von Forschern zur Benennung von SARS-CoV-2-Linien, verfügt über ein etabliertes System zur Identifizierung und Bezeichnung von Rekombinanten von SARS-CoV-2. Derzeit wurden fast 100 rekombinante Abstammungslinien vom PANGO-Netzwerk benannt, die alle mit dem Buchstaben „X“ beginnen, gefolgt von einem Buchstaben, der die Reihenfolge ihres Nachweises angibt.

Zwei rekombinante Linien von SARS-CoV-2 werden derzeit von der Weltgesundheitsorganisation als „Varianten unter Überwachung“ bezeichnet: XBB, eine Rekombinante der Omicron-Unterlinien BA.2.10.1 und BA.2.75, und XBF, eine Rekombinante von BA.5.2 .3 und BA.2.75.3 Omicron-Unterlinien.

Die Linie XBB.1.5, eine Unterlinie der XBB, die erstmals im Oktober 2022 in New York City identifiziert wurde, wird derzeit von der WHO als Variant of Interest (VOI) bezeichnet. Die Verfolgung von Omicron-Rekombinanten ist wichtig für die Früherkennung von Abstammungslinien, die funktionelle Vorteile gegenüber derzeit zirkulierenden Varianten haben könnten, wie z. B. eine erhöhte Übertragbarkeit in Populationen mit vorheriger Immunität gegen das Virus.

Was ist die XBB.1.16-Linie von SARS-CoV-2?

XBB.1.16 wurde erstmals in SARS-CoV-2-Sequenzen aus Indien entdeckt und ist eine rekombinante Linie des Virus und ein Nachkomme der XBB-Linie. Die früheste Sequenz dieser Linie gehört zu einem viralen Genom, das im Januar 2023 in New York isoliert wurde, und es wurde festgestellt, dass die Linie überwiegend in Indien zirkuliert.

Eine beträchtliche Anzahl der Genome von außerhalb Indiens, beispielsweise aus den USA und Singapur, wurde mit internationalen Reisen, hauptsächlich aus Indien, in Verbindung gebracht. Die Variante wurde bisher in mindestens 14 Ländern weltweit nachgewiesen.

Die Linie XBB.1.16 hat eine Reihe von Mutationen gemeinsam mit dem VOI XBB.1.5. Weitere Schlüsselmutationen, darunter E180V und T478R im Spike-Protein und I5T in ORF9b, sind in der XBB.1.16-Linie vorhanden.

Im Gegensatz dazu hat das XBB.1.5 die Mutation T478K im Spike-Bereich. T478R steht im Zusammenhang mit Immune Escape oder der Fähigkeit des Virus, Antikörpern zu entgehen, die durch frühere Infektionen oder Impfstoffe entstanden sind. Die ORF9b-I5T-Mutation findet sich auch in der Linie XBB.1.9 und es wurde allgemein angenommen, dass sie dem Virus einen Wachstumsvorteil verleiht.

Vorläufige Daten deuten auch darauf hin, dass XBB.1.16 einen größeren Wachstumsvorteil gegenüber derzeit zirkulierenden SARS-CoV-2-Linien, einschließlich der XBB.1.5-Linie, hat.

Warum verursacht XBB.1.16 in Indien Bedenken?

Angesichts des anhaltenden Anstiegs der Zahl der saisonalen Influenza H3N2-Fälle ist in Indien im März 2023 trotz der geringen Anzahl von Tests ein Anstieg der COVID-19-Fälle zu beobachten, da die Gesamtzahl der aktiven COVID-19-Fälle im ganzen Land gestiegen ist auf über 6.000.

Es wird angenommen, dass die sich schnell ausbreitende XBB.1.16-Linie für den jüngsten Anstieg der COVID-19-Fälle in Indien verantwortlich ist.

Obwohl die Daten aus der systematischen Genomüberwachung in Indien begrenzt sind, macht XBB.1.16 heute mehr als 30 % aller sequenzierten Genome im März 2023 aus, und sein Anteil hat in den letzten Wochen zugenommen, um die Hauptlinie zu werden in einigen Staaten.

Bis heute wurde die Linie in Proben aus Telangana, Maharashtra, Karnataka, Gujarat, Delhi, Puducherry, Haryana, Himachal Pradesh und Odisha gefunden. Die Bundesstaaten Telangana, Karnataka, Gujarat und Maharashtra haben die höchste Zahl von XBB.1.16-Fällen gemeldet, jedoch mit dem Vorbehalt, dass dies verzerrt sein könnte, da nicht alle Bundesstaaten proaktiv Proben sequenzieren.

Die frühesten Genome von XBB.1.16, die aus Indien erhältlich und in GISAID, einer globalen Datenbank für Krankheitserregersequenzen, hinterlegt sind, stammten von Anfang Februar 2023 aus Karnataka und Maharashtra.

Basierend auf vorläufigen Daten gibt es keine Hinweise darauf, dass sich Infektionen mit der XBB.1.16-Linie im klinischen Schweregrad von denen anderer Omicron-Linien unterscheiden, obwohl der höhere Wachstumsvorteil und möglicherweise auch die stärkere Immunabwehr zu einem höheren Risiko einer Reinfektion führen könnten mit XBB.1.16 im Vergleich zu anderen zirkulierenden Omicron-Linien.

Der Schutz der Schwachen durch bewährte Mittel könnte daher den Anstieg der Infektionen deutlich dämpfen. Es wird daher entscheidend sein, die Prävalenz von XBB.1.16 und die klinischen Korrelate in den kommenden Tagen zu überwachen, wenn die Fälle weiter zunehmen.

Zusammenfassend

Die genomische Überwachung von SARS-CoV-2 hat sich immer wieder als unerlässlich für die Früherkennung und Verfolgung neuer Viruslinien, einschließlich Rekombinanten, erwiesen. Obwohl die Impfung und die hybride Immunität gegen die Krankheit beim Schutz vor schweren COVID-19-Symptomen weiterhin wirksam sind, sind weitere Untersuchungen erforderlich, um die Auswirkungen neu entstehender Abstammungslinien auf den Verlauf der Pandemie zu bestimmen.

Da sich Menschen weiterhin infizieren und neue Abstammungslinien des Virus auftauchen, sind seit der COVID-19-Pandemie bewährte vorbeugende Maßnahmen wie das Tragen von Masken und Impfungen wichtiger denn je, wenn Sie die geplanten Dosen nicht erhalten haben längst noch nicht vorbei.

Bani Jolly und Vinod Scaria sind Forscher am CSIRs Institute of Genomics and Integrative Biology in Delhi. Alle geäußerten Meinungen sind persönlich.