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Bemühungen, aufkommende COVID-19-Varianten zu verfolgen, schrumpfen

by drbyos
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Im Juli wurden nur 184 Genome sequenziert.

Die zweite Welle steht noch bevor und es gibt Anzeichen dafür, dass eine dritte Welle vor der Tür stehen könnte, aber Indiens Bemühungen, Genome zu sequenzieren, um aufkommende Varianten aufzuspüren, sind nach April stark zurückgegangen.

Daten des National SARS-CoV-2 Genome Consortium (INSACOG), einem Netzwerk von 28 Labors im ganzen Land, das zur Sequenzierung von Genomen des Coronavirus für neu auftretende Varianten ausgestattet ist, zeigen, dass im Juli nur 184 Genome sequenziert wurden. Im Juni wurden 4.381 Proben sequenziert, was selbst ein starker Rückgang gegenüber Mai (13.142 Proben) und April (15.546 Proben) ist. In den letzten beiden Monaten trug Indien die Hauptlast der zweiten Welle, bei der die Zahl der täglichen Fälle auf bis zu 400.000 anwuchs.

Bis zum 30. Juli hatte INSACOG 58.240 Genome sequenziert, von denen 46.124 Proben analysiert und ihre Abstammung (Variantengeschichte) festgestellt und dem National Center for Disease Control (NCDC) vorgelegt wurden, laut der Antwort auf eine Frage im Lok Sabha .

INSACOG-Daten, die auf einer Website des Council of Scientific and Industrial Research-Institute of Genomics and Integrative Biology, einem der wichtigsten INSACOG-Labors, sichtbar sind, zeigen jedoch, dass 49.770 Genome analysiert und 232 Abstammungslinien zugeordnet wurden. Diese Zahlen beinhalten Genome, die von Kerala und Maharashtra sequenziert wurden, die ihre eigenen Genomüberwachungsprogramme haben. In absoluten Zahlen macht Maharashtra ein Fünftel der untersuchten nationalen Genome aus, Kerala etwa ein Zehntel.

Renu Swarup, Sekretär der Abteilung für Biotechnologie, die INSACOG koordiniert, sagte, dass die auf der öffentlichen Website verfügbaren Zahlen nicht die neuesten für Juni und Juli seien. „Dies sind nicht die vollständigen Daten für Juni oder Juli. Dadurch erhalten Sie nur Daten der analysierten Sequenzen und dies ist keine Echtzeit. Wir haben jetzt ein Echtzeit-Portal und bald wird der Link verfügbar sein “, sagte sie Der Hindu.

Ein Wissenschaftler aus einem der INSACOG-Labors sagte, dass es bei der Analyse der Proben aus einer Region aus einem beliebigen Monat immer eine Verzögerung gebe und dass die Juli-Proben in den kommenden Wochen zunehmen würden. Allerdings gibt es Herausforderungen im Programm. Die INSACOG-Initiative war ursprünglich auf drei Monate angelegt, und da das Projekt erst vor kurzem verlängert wurde, verzögerten sich die Mittel, die den Laboren für die Durchführung der Sequenzierung zur Verfügung standen. Der andere Grund, sagte diese Quelle, war, dass viele Staaten keine Proben schickten: „Das Nationale Zentrum für die Kontrolle von Krankheiten hat festgelegt, dass pro Monat mindestens 300 Proben von jedem Staat gesendet werden sollten. Nur sehr wenige Staaten halten sich tatsächlich an diese Richtlinie.“

Das Gesundheitsministerium sagte letzte Woche in der Lok Sabha, dass die bestehenden Richtlinien vorsahen, alle 15 Tage aus jedem Bundesstaat 15 Proben von jedem Wächterstandort zu sequenzieren, damit die Bezirke aus epidemiologischer Sicht dargestellt werden. Von jedem Bundesstaat wird erwartet, dass er über 10 solcher Sentinel-Standorte verfügt, bei denen es sich um notifizierte Labors und Krankenhäuser der Tertiärversorgung handelt. „Dies ist eine vielfältigere Stichprobenstrategie im Vergleich zu einer zufälligen Stichprobensequenz von 5%“, stellte das Ministerium fest.

Die INSACOG-Datenbank enthält den Beitrag von 28 Staaten und Unionsterritorien. Idealerweise sollten es also 8.400 Proben im Monat sein, was, wie die Zahlen für Juni und Juli vermuten lassen, weit unter dem Bedarf liegt.

Die dominante Variante in ganz Indien ist weiterhin die Delta-Variante, aber die begrenzte Sequenzierung bedeutet, dass es unmöglich sein wird, zu verfolgen, ob neue Varianten möglicherweise zu Überspannungen führen. Derzeit meldet Kerala etwa die Hälfte der täglichen Fallzahlen, und in mehreren nordöstlichen Bundesstaaten sind steigende Flugbahnen zu beobachten. Meghalaya, Mizoram, Assam und Tripura haben laut INSACOG-Datenbank jeweils weniger als 200 Proben für die Genomsequenzierung beigetragen.

Obwohl der Monat Juli die wenigsten Proben enthält, ist der Anteil der Proben der Delta-Variante von über 85% der analysierten Proben im Mai und Juni auf 73% gesunken.

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